Báthory Zsigmond (1588-1602, megszakításokkal) nagybátyja halála után került Erdély élére. 1588-ban a medgyesi országgyűlés előtt tette le a fejedelmi esküt. Többszöri lemondása a trónról Erdély helyzetét gyengítette. Politikájának fő célja a török szövetség felmondása volt, viszont az országgyűlés és a törökpárti főurak ezt ellenezték, ezért Kolozsvár főterén ítélet nélkül kivégeztette őket. A 15 éves háború idején a fejedelem és Erdély csatlakozott a Szent Ligához, ahhoz a törökellenes szövetséghez, amelynek fő irányítója a Habsburg Birodalom volt.
A sikeres havasalföldi hadjáratot követően 1596-ban megfordult a hadiszerencse: Erdély hadszíntérré változott, és a fejedelemséget belső hatalmi harcok is gyengítették. Közben Zsigmond a székelyekkel is szembekerült: szabadságot ígért azoknak a közszékelyeknek, akik csatlakoznak a török elleni háborúhoz,viszont az erdélyi országgyűlés, a Mihály havasalföldi vajdával szövetségben vívott
gyurgyevói (Giurgiu) csata után, visszavonta a fejedelem ígéretét. Ekkor zajlott a „véres
farsang”, amikor leverték a székelyek lázadását: ennek eredményeként sem Zsigmond,
sem a Báthory-dinasztia következő fejedelme nem kapott több katonai segítséget a
székelyektől.
1599-ben átadta a hatalmat unokatestvérének, a Lengyelországból hazatért Báthory András bíborosnak, aki nem folytatta elődje politikáját, kilépett a törökellenes szövetségből. Ekkor Rudolf császár Mihály vajdára bízta Erdély visszatérítését a
Szent Ligába. A sellenberki csatában a székelyek Mihály vajda mellé álltak, akiknek
a segítségével legyőzték Báthory Andrást. A menekülő fejedelmet a székelyek Csíkszentdomokoson meggyilkolták.
A hosszúra húzódó hadakozás mindkét nagyhatalmat kimerítette, és Erdély számára is jelentős pusztítással járt. A Habsburg kormányzat nem engedte Erdélyt kilépni a háborúból, Basta generális kormányzata pedig egész területek elnéptelenedését okozta. Az elkeseredést fokozta II. Rudolf császár elhibázott valláspolitikája, a magyar és erdélyi területeken elindított erőszakos ellenreformáció. Elvették a protestánsok templomait, és törvénytelenül próbálták megakadályozni a vallási kérdések országgyűlési tárgyalását. Az uralkodó több magyar főúr ellen alaptalan felségárulási pert indított, hogy vagyonuk elkobzásával enyhítsék a kincstár hiányát.
A Bocskai-felkelés
Az általános elégedetlenség akkor torkollott felkelésbe, amikor Bocskai István került az udvar célkeresztjébe. Bocskai,
Báthory Zsigmond nagybátyjaként kulcsszerepet játszott a
török függőség elutasításában és az erdélyi katonai sikerekben. Tekintélyének köszönhetően az ellene küldött hajdúk,
akik a háborús kudarcok és a vallási sérelmek miatt amúgy
is lázadoztak, Bocskai oldalára álltak. Szövetségük váratlan katonai sikerek sorát hozta. Rövid időn belül a Felvidék
és Erdély is Bocskai irányítása alá került. A rendek 1605.
február 21-én Nyárádszeredában Erdély, majd 1605.
április 20-án Szerencsen Magyarország fejedelmévé
választották.
Mihály vajda átvette Erdély kormányzását, mint a Habsburg császár helytartója. A székelyek visszakapták Mihálytól kiváltságaikat, ezért elkísérték a vajdát a
moldvai hadjáratába. Néhány hónapig Mihály kormányozhatta mindhárom országot (Havasalföld, Erdély, Moldva). Az elégedetlen erdélyi nemesség segítséget kért
a Habsburgoktól, akik a kegyetlen Giorgio Basta zsoldosvezért küldték Erdélybe.
Basta 1600-ban Miriszlónál legyőzte Mihály seregeit. A Basta pusztításai miatt elégedetlen erdélyiek közben visszahívták
Báthory Zsigmondot, a fejedelem Goroszlónál vereséget szenvedett Basta és Mihály seregeitől. A császár időközben a túl nagy önállóságra és hatalomra törekvő Mihály vajdát megölette, így a fejedelemség élére kormányzóként Giorgio Basta került, aki 1600–1604 között kifosztotta Erdélyt. Báthory Zsigmond nem mondott le végérvényesen a hatalomról, haláláig több visszatérési kísérlete is volt.
A hosszúra húzódó hadakozás mindkét nagyhatalmat kimerítette, és Erdély számára is jelentős pusztítással járt. A Habsburg kormányzat nem engedte Erdélyt kilépni a háborúból, Basta generális kormányzata pedig egész területek elnéptelenedését okozta. Az elkeseredést fokozta II. Rudolf császár elhibázott valláspolitikája, a magyar és erdélyi területeken elindított erőszakos ellenreformáció. Elvették a protestánsok templomait, és törvénytelenül próbálták megakadályozni a vallási kérdések országgyűlési tárgyalását. Az uralkodó több magyar főúr ellen alaptalan felségárulási pert indított, hogy vagyonuk elkobzásával enyhítsék a kincstár hiányát.
A Bocskai-felkelés
Az általános elégedetlenség akkor torkollott felkelésbe, amikor Bocskai István került az udvar célkeresztjébe. Bocskai,
Báthory Zsigmond nagybátyjaként kulcsszerepet játszott a
török függőség elutasításában és az erdélyi katonai sikerekben. Tekintélyének köszönhetően az ellene küldött hajdúk,
akik a háborús kudarcok és a vallási sérelmek miatt amúgy
is lázadoztak, Bocskai oldalára álltak. Szövetségük váratlan katonai sikerek sorát hozta. Rövid időn belül a Felvidék
és Erdély is Bocskai irányítása alá került. A rendek 1605.
február 21-én Nyárádszeredában Erdély, majd 1605.
április 20-án Szerencsen Magyarország fejedelmévé
választották.
(A szöveg nagyjából az új MAGYAR TÖRTÉNELM TANKÖNYVBŐL van, IDE kattintva elérheted)
